南京城市足球俱乐部原名南京枫帆足球俱乐部，于2014年12月29日在南京市民政局正式注册创立，2017年11月1日完成工商注册，2021年1月15日更名为南京城市足球俱乐部。2018年9月11日，俱乐部被中国足球协会认定为“全国社会足球品牌青训机构（2018-2020）”。2019年获得中国足球协会会员协会冠军联赛冠军，晋级到中国足球协会乙级联赛。2020赛季获得中国足球协会乙级联赛季军。2021年3月29日，根据中国足球协会公告，南京城市足球俱乐部获得了2021赛季中甲联赛的准入资格，球队将参加新赛季的中甲联赛。