1920年8月15日恩波利队正式成立，1983年更名为恩波利FC队一直沿用至今。此前该队曾参加过4次意甲联赛，1986-87赛季该队首次参加意甲联赛，并在该赛季以23分保级成功，1987-88赛季因在上赛季打假球被足协扣除5分，最终以最后一名降入乙级联赛，此后该队掉入丙级联赛深渊近7个赛季。1996-97赛季重返乙级联赛，次年升入甲级。自此球队时常处于甲组及乙级联赛之间，2017–18年赛季在取得意乙联赛冠军后，重新升上意甲联赛。2018–19赛季恩波利仅仅取得联赛倒数第3名的成绩，球队再度降入乙级。2020-21赛季，球队再次夺得意乙冠军，升班至意甲联赛中。