1876年，米德尔斯堡板球俱乐部中的一些成员提议成立了这家足球俱乐部。1892年，米德尔斯堡加入了英格兰联赛，在此后的50年中一直在顶级联赛中征战，在1926-27赛季夺得了乙级联赛冠军。1954年，米德尔斯堡队降入了乙级，1965-66赛季是最黑暗的记忆，他们第一次降入了丙级。

　　1973年，球队重新杀入了顶级联赛。此后的米德尔斯堡经历了动荡和起伏，他们在甲级联赛的日子于1982年结束，在1986年更遇上财政危机，几乎解散，尤幸在长期球迷现任主席吉布森的注资下，球队终于渡过难关，并于1995年迁往新的河畔球场，重回英超行列。此后他们有三次机会可以在杯赛首尝冠军滋味，可惜最终失诸交臂，直到2004年的联赛杯决赛，以2-1 击败博尔顿，才填补了俱乐部历史上与锦标无缘的空白。

　　在2008/09年球季仅排名联赛第19位，由英超降级到英格兰足球冠军联赛，至2015-16年取得英冠联赛亚军，返回缺席七年的英超作赛，但可惜只在英超比赛一届就护级失败降回英冠。2016-17赛季第36轮，米德尔斯堡客场0-3负于切尔西后提前两轮降级，再次降入英冠联赛。